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微整列和下一代測序讓研究者能夠簡單檢測并高度多倍數量化分子目標由于宏基因組微生物研究所需樣本的復雜性，不恰當的樣本采集、穩定和運輸很容易造成誤差。
血液采集 | 口腔采集 | |||
特性 | 靜脈血 | 漱口劑 | 口腔拭子 | OMNIgene•ORAL (OM-501) |
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非侵入式采集 | ? | ? | ? | ? |
用于高通量處理的標準格式 | ? | ? | ? | ? |
樣本在室溫環境下保持穩定性 | 數日 | 數周 | 數日 | 1年 |
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